应用于医疗污水处理设备的原理是利用各种技术和手段将污水中的污染物分离出来，对污水进行再利用，或者把它变成无害的物质来净化水。现代污水处理技术按其原理可分为物化处理。生物处理三类。按程度分为一级处理。二级处理和三级处理，三级处理又称为深度处理。
物理法是利用物理作用将悬浮物从污水中分离出来的方法。医疗污水处理设备处理方法主要有：格栅截流法、沉淀法、气浮法、过滤法等。
化学法是利用化学反应分离回收污水中各种污染物的方法。医疗污水处理设备只需处理工业废水。主要方法有：中和、混凝、电解、氧化还原、蒸汽提取、提取、吸附、离子交换等。
生物化学处理是利用污水处理设备中微生物的代谢作用，将污水中的有机污染物分解为溶解的、不含胶体的有机物，主要方法有好氧法和厌氧法两种，在处理城市污水及有机性工业废水中广泛应用。厌氧法主要用于处理高浓度有机废水和污水处理过程中产生的污泥。
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